‘‘പരിശുദ്ധ സഭ കേവലം ആൾക്കൂട്ടമല്ല, അത് ജീവനുള്ള മന്ദിരമാകുന്നു. ജീവന്റെ ലക്ഷണം ചലനവും വളർച്ചയുമാണെങ്കിൽ സഭ അനുദിനം വളരണം. നന്മയുടെയും വിശുദ്ധിയുടെയും പവിത്രമായ ചലനങ്ങൾ സൃഷ്ടിക്കാൻ പര്യാപ്തമായ സഭാജീവിതം കരുപ്പിടിപ്പിക്കാൻ നിങ്ങളെ ആഹ്വാനം ചെയ്യുന്നു’’.
2010-ലെ കേരളപ്പിറവിദിനത്തിൽ പരുമല സെമിനാരിയിൽ നടന്ന സ്ഥാനാരോഹണച്ചടങ്ങിൽ ബസേലിയോസ് മാർത്തോമാ പൗലോസ് ദ്വിതീയൻ കാതോലിക്കാ ബാവായുടെ വാക്കുകൾ ഇങ്ങനെയായിരുന്നു.
മുപ്പതുലക്ഷംവരുന്ന ഓർത്തഡോക്സ് സമൂഹത്തിന്റെ 21-ാമത് മലങ്കര മെത്രാപ്പൊലീത്തയും 91-ാമത് കാതോലിക്കയുമായിരുന്നു ബാവാ. 11 വർഷം മാതൃകാപരമായി നയിച്ച അദ്ദേഹം സഭയുടെ നിലപാടുകൾക്കൊപ്പം സ്വന്തം നിലപാടുകളും ഉയർത്തിപ്പിടിച്ചു.
മാർത്തോമ്മൻ പൈതൃകത്തിൽ അടിയുറച്ച പ്രവർത്തനമാണ് സഭാനാഥനെന്ന നിലയിൽ അദ്ദേഹം മുന്നോട്ടുവെച്ചത്. ലോകത്തിന്റെ  ഏതു കോണിലായാലും മലങ്കരവിശ്വാസികൾ പൈതൃകവും വിശ്വാസരീതികളും നിലനിർത്തണമെന്ന് അദ്ദേഹം ആഗ്രഹിച്ചു.  സഭയുടെ സ്വാതന്ത്ര്യം ആർക്കും അടിയറവെക്കാനുള്ളതല്ലെന്ന് അദ്ദേഹം പരസ്യമായി പ്രഖ്യാപിച്ചു. സ്വാതന്ത്ര്യമുള്ള ദേശീയസഭ എന്നതായിരുന്നു അദ്ദേഹത്തിന്റെ വിശേഷണം. ഇന്ത്യൻ ഓർത്തഡോക്സ് സഭ എന്നപേരിന് പൂർണമായും അർഹതയുള്ള സഭയാണിതെന്ന് അദ്ദേഹം വിശ്വസിച്ചിരുന്നു.
സഭാതർക്കങ്ങളിൽ ശാശ്വതസമാധാനമുണ്ടാകുമെന്ന് അദ്ദേഹം പ്രതീക്ഷ വെച്ചുപുലർത്തി. ഓർത്തഡോക്സ് സഭയ്ക്ക് ആരോടും ശത്രുതയില്ലെന്നും ആരോടും കലഹത്തിന് താത്പര്യമില്ലെന്നും അദ്ദേഹം പറഞ്ഞു. സുപ്രീംകോടതിവിധി നടപ്പാക്കാൻ സന്നദ്ധമായ രാഷ്ട്രീയമായ ഭരണവ്യവസ്ഥയും നിയമത്തെ അംഗീകരിക്കുന്ന സമൂഹവും  വളർന്നുവരണമെന്നായിരുന്നു അദ്ദേഹത്തിന്റെ കാഴ്ചപ്പാട്.
ഇതരമതങ്ങളെക്കുറിച്ചുള്ള സമീപനത്തിൽ, വ്യത്യസ്ത മതവിഭാഗങ്ങളെ ഒന്നായിക്കാണാനുള്ള ഭാരതത്തിന്റെ പൈതൃകം എല്ലാവരും മാതൃകയാക്കണമെന്നായിരുന്നു നിലപാട്. അതേസമയം, മതങ്ങൾ വർഗീയതയിലേക്കു പോകുന്നത് അപകടകരമാണെന്നും അദ്ദേഹം വിശ്വസിച്ചു. പ്രത്യേക രാഷ്ട്രീയത്തിൽ വിശ്വസിക്കണമെന്നു പറയാൻ സഭയ്ക്ക് അധികാരമില്ലെന്നു തന്നെ അദ്ദേഹം കരുതി. എന്നാൽ, സമൂഹത്തിലും രാഷ്ട്രീയത്തിലും നടക്കുന്ന കാര്യങ്ങളെപ്പറ്റി ചിന്തിക്കാനും വിലയിരുത്താനുമുള്ള അവകാശവും കടമയും എല്ലാ വിശ്വാസികൾക്കുമുണ്ടെന്ന് അദ്ദേഹം ഓർമിപ്പിച്ചു.
സഭകൾ സ്ത്രീകളുടെ അവകാശങ്ങൾ നിഷേധിക്കുന്നത് ശരിയല്ലെന്ന അഭിപ്രായമായിരുന്നു അദ്ദേഹത്തിന്. അത്തരം നിഷേധങ്ങൾ മാറ്റിയെടുക്കാനുള്ള ശ്രമം സഭ തുടരുമെന്ന് അദ്ദേഹം പ്രഖ്യാപിച്ചിരുന്നു.
 ഉന്നതവിദ്യാഭ്യാസം നേടുന്ന യുവതലമുറ സഭാ പ്രവർത്തനങ്ങളിൽനിന്ന് അകലുന്നതിലുള്ള ആശങ്കയും അദ്ദേഹം പങ്കുവെച്ചു. അവരെ സഭയുമായി കൂടുതൽ അടുപ്പിക്കാനും ആചാരങ്ങളിൽ ഉറപ്പിച്ചുനിർത്താനും പദ്ധതികൾ ആവിഷ്കരിക്കുകയെന്ന ലക്ഷ്യവും അദ്ദേഹത്തിനുണ്ടായിരുന്നു.